Au village caché de Konoha, les enfants sont entraînés, dès leur plus jeune âge, afin de devenir des ninjas. L'Hokage, protecteur et chef du village, est théoriquement le ninja le plus puissant.
Il y a de cela plusieures années, un démon renard à neuf queues (Kyubi) entreprit la destruction du village de Konoha, mais le 4e Hokage stoppa ce démon en le scellant dans le corps d'un nouveau né celui de Naruto Uzumaki.
Le maître ninja fit promettre aux habitants de ne rien dévoiler du sceau aux enfants du village. Ainsi Naruto devait pouvoir vivre normalement.
Naruto, Sasuke et Sakura
Naruto est un garçon un peu spécial: orphelin, éternel farceur et solitaire au caractère fougueux, il n´est pas des plus appréciés dans son village. En effet, le démon scellé en lui a attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui avec le temps ont fini par assimiler Kyubi à Naruto. Malgré cela, il garde au fond de lui une ambition: celle de devenir un "maître Hokage", la plus haute distinction dans l´ordre des ninjas, et ainsi obtenir la reconnaissance de ses pairs mais cela ne sera pas de tout repos.
Au cours de cette série, on suit les aventures de Naruto Uzumaki et ses compagnons, Sakura Haruno et Sasuke Uchiwa, à travers de leur entraînement au combat et des batailles qu´ils sont conduits à mener.