Shinichi Kudo est un jeune détective et élève prodige âgé de 17 ans qui travaillait fréquemment avec la police. Cependant, lors d'une visite dans un parc d'attractions avec son amie d'enfance, Ran Mouri, il est attaqué par deux membres d'une mystérieuse organisation du crime dont tous les membres sont habillés en noir. Il est ensuite contraint d'avaler un nouveau poison mis au point par l'organisation, l'APTX 4869, et censé le tuer sans laisser de traces, mais à cause d'un rare et inconnu effet secondaire, la drogue le régresse dans son ancienne apparence de petit garçon âgé de sept ans, après qu'ils l'aient laissé pour mort2. Dans le but de cacher sa véritable identité et d'investir son temps dans la traque de cette organisation nommée Organisation des Hommes en Noir, il adopte le pseudonyme de Conan Edogawa. Dans l'espoir de trouver certains indices concernant l'organisation, il réussit, grâce au professeur Agasa, à être placé sous la garde de Ran Mouri, dont le père, Kogoro Mouri, travaille en tant que détective privé. Il est également scolarisé à l'école primaire de Teitan (jeu de mot avec le mot japonais utilisé pour dire détective : Tantei) et forme Les Détectives Juniors avec trois de ses camarades de classe; Genta Kojima, Mitsuhiko Tsuburaya et Ayumi Yoshida Également en tant que Conan, Shinichi continue de résoudre les énigmes à l'aide de Kogoro Mouri, souvent avec l'aide des gadgets que lui fournit son ami et voisin, le professeur Agasa. Kogoro Mouri, est un détective plutôt alcoolique, bon à rien et se vante souvent lors des fins de mystères qu'il a soi-disant résolus.

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