Un soir, un individu muni d'une mallette se fait attaquer par des hommes masqués et est sauvé de justesse par Cutey Honey. La mallette de l’homme, archéologue, contient une étrange chrysalide qu’il a volé à l'organisation Panther Clow. Ce papillon, originaire du Mexique et disparu depuis 6 000 ans, serait d’après une légende un ange gardien aidant les hommes à rejoindre le paradis. Les Panther Clow réitèrent une tentative pour récupérer le cocon mais échouent de nouveau... Ils réussissent cependant à kidnapper la meilleure amie de Cutey Honey. Pour la sauver, notre héroïne accompagnera l’archéologue en Amérique centrale sur les traces d'une l’ancienne civilisation...