Le Dr Eggman (Robotnik) prend en otage le président et sa fille, Sonic se plie alors à la demande du ravisseur et se rend sur l'île du savant fou pour stopper Black Eggman et désactiver le générateur de la ville avant que ce dernier n'atteigne le point critique. À ce moment, Sonic ne se doute pas qu'il s'agit en fait d'un piège pour activer Hyper Metal Sonic, un robot construit par Eggman pour le détruire...