L’histoire se déroule en 2022. L’humanité est arrivée à une avancée technologique lui permettant d’être reliée de façon transparente avec les réseaux (internet etc…).
Un jour, la conscience de dizaines de milliers de personnes disparaissent dans les méandres du net. Cet incident est appelé Early Rapture.
Rem Mikage se lance à la recherche de l’âme de sa jeune soeur, Shiki.