Takuya, JP, Kouji, Zoe et Tommy (les digisauveurs de Digimon Frontier) sont toujours dans le monde digital. Ils se retrouvent séparés en deux groupes sur une île, et vont y rencontrer chacun de leur côté deux clans de digimons qui se battent l'un contre l'autre et ne peuvent se supporter. Mais ce problème n'est pas le seul que les enfants auront à surmonter.