L'histoire débute deux ans après les combats qui on eu lieu. Chaque personnages a choisi une voie comme Saji et Louise qui a subis un long traitement pour son état fait par les Innovateurs. Setsuna quant a lui viens en aide a Marina et Shirin qui son attaquer. Il arrive a les sauver et cache le fait qu'il fait parti des Celestian Bieng. La paix qui semble s'installer pourtant semble en péril...