L'histoire se déroule en 2059, cinq décennies après la première guerre spatiale du scénario Macross original. Macross Frontier, la 25ème flotte de colonisation longue distance vogue à travers la galaxie à la recherche d'un nouveau foyer. Elle est également en guerre avec un étrange ennemi du nom de Vajra.
Ozma Lee, le meneur de l'équipe S.M.S Skull qui combat les Vajra, fait un jour la rencontre d'une forme de vie mystérieuse. Cette forme de vie partage avec lui des souvenirs visuels d'une autre flotte de colonisation.
Note : Ce film de 90 minutes reprend des scènes remasterisées de la série Macross 7 mêlées à de nouvelles scènes inédites.