Le monde est frappé par un phénomène de dématérialisation au moment où Netto Hikari et ses amis participent à un concours de Net Navi. Au moment où l’un de ses amis allait débuter un match, le père de Netto le contacte pour lui demander de se rendre à la Tour Trident, afin d’y connecter Rockman, son partenaire du monde virtuel. Une fois sur place, ils doivent détruire un fichier bien particulier, celui de son grand-père. Afin de sauver son père et ses amis pris dans la dématérialisation, Netto est rejoint par Enzan et Laika. Tous trois se dirigent vers la source du phénomène. Cette dernière se situe dans la mer du Sud et se nomme KA 222. Commence alors une course contre la montre pour sauver la Terre et ramener toutes les personnes touchées par la dématérialisation.