L'histoire débute deux ans après la fin de la série Soukyuu no Fafner. À la suite de la disparition de Soushi, Kazuki est retourner sur l'île de Tatsumiya avec les autres survivants de l'opération. Il n'a désormais plus qu'un seul but, attendre le retour de Soushi comme il le lui a promit. Cependant, cette attente est bien plus lourde et difficile que Kazuki pouvait l'imaginer. Pourra t-il réellement attendre le retour de son meilleur ami ? Ne commence t-il pas déjà à douter de ce retour? De plus, malgré les évènements survenue au Pôle Nord, les Festums se regroupent à nouveau et Kurusu Misao, le nouveau Noyau de l'île, se réveille.