Nous sommes en 2011. Un an est passé depuis que Rintarou a rejoint la ligne Steins;Gate. Malheureusement, les anciennes lignes d'univers qu'il a visitées refont encore surface dans son esprit, ce qui a tendance à le tourmenter de plus en plus...
Alors que Kurisu vient passer quelques jours au Japon, elle se rendra compte du mal-être du mad scientist et décidera de lui venir en aide lorsque la roue aura déjà tourné pour lui...