C'est le Printemps à Gensokyo, pourtant l’hiver est toujours présent et semble vouloir duré. Reimu Hakurei, gardienne de la barrière Hakurei séparant le monde extérieur et Gensokyo, s’ennuie dans son temple et ne semble pas vraiment vouloir enquêter sur ce phénomène. Son amie Marisa Kirisame voudrait bien savoir qui se cache derrière ce mystère et décide donc de partir à la recherche du coupable