Donnant suite à la fin de la série papier, Yugi et sa bande vivent des jours tranquilles et établissent des projets pour leur futur. Kaiba continue ses recherches technologique et ne cesse de faire progresser le jeu virtuel dans le but obsessionnel de pouvoir à nouveau affronter le Pharaon Atem. Un nouvel élève mystérieux du nom d'Aigami arrive dans la classe de Yugi et c'est alors que d'étranges choses ont lieu dans la ville.